Vilniaus universitetas

Proteomikos centras

Lietuvos biochemiku draugija


Orai Vilniuje

Tyrimai

 

  • Baltymo identifikavimas peptidų „pirštų atspaudų“ metodu kombinuotu su dviguba masių spektrometrija

  • Proteomos kokybinių ir kiekybinių skirtumų analizė elektroforeze, skysčių chromatografija, masių spektrometrija

  • Peptidų sekos nustatymas (sekvenavimas) de novo

  • Baltymo molekulinio svorio nustatymas

  • Baltymo potransliacinių modifikacijų paieška bei identifikavimas

 

Baltymų/peptidų paruošimas masių spektrometrinei analizei:

  1. Sudėtingo baltymų mišinio išskirstymas vienkrypte (SDS-PAGE) panaudojant Hoefer SE600 horizontalę elektroforezės sistemą arba labai sudėtingo baltymų mišinio išskirstymą dvikrypte baltymų elektroforeze (izofokusavimas ir SDS-PAGE), panaudojant Ettan™ IPGphor 3 sistemą izofokusavimui ir SDS-PAG elektroforezės sistemą Ettan DALTsix™ 6 gelių (17-24 cm) vertikalią sistemą. Geliai, nudažyti Coomassie™ arba sidabru skenuojami Image Scanner™ III ir analizuojami Image Master Platinum 2-D diferencinės analizės programine įranga. Baltymai iš gelio išpjaunami rankiniu būdu.
    Tyrimo pavyzdys Nr. 1

  2. Baltymų, esančių gelyje, paruošimas masių spektrometrinei analizei: proteolizė, ekstrakcija, redukavimas, alkilinimas, nudruskinimas ir padengimas ant MALDI plokštelės.
    Tyrimo pavyzdys Nr. 2

  3. Baltymų mišinio paruošimas peptidų chromatografijai: proteolizė, ekstrakcija, redukavimas, alkilinimas, nudruskinimas.
    Tyrimo pavyzdys Nr. 3

  4. Peptidų mišinio (vidutinio sudėtingumo arba labai sudėtingo) išskirstymas kapiliarine chromatografija užnešant frakcijas ant MALDI plokštelės panaudojant kapiliarinę Dionex Ultimate™ 3000 chromatografijos sistemą ir Probot™ su programine įranga. Tik iš organizmų, kurių genomų seka nustatyta.
    Tyrimo pavyzdys Nr. 4.

Baltymų/peptidų masių spektrometrinė analizė:

  1. Baltymo molekulinės masės nustatymas MALDI TOF/TOF masių spektrometru
    Tyrimo pavyzdys Nr. 5.

  2. Nežinomo baltymo identifikavimas sąlyginai nesudėtingame (~2-10 baltymai) mišinyje MALDI TOF/TOF arba Q trap 4000 masių spektrometrais  – tik iš organizmų, kurių genomų seka nustatyta.
    Tyrimo pavyzdys Nr. 6
    .

  3. Nežinomo baltymo identifikavimas sudėtingame (šimtai - tūkstančiai baltymų) mišinyje MALDI TOF/TOF masių spektrometru – tik iš organizmų kurių genomų seka nustatyta.
    Tyrimo pavyzdys Nr. 7
    .

  4. Žinomo baltymo buvimo mėginyje patvirtinimas Q trap 4000 masių spektrometru (MIDAS technologija) - tik iš organizmų, kurių genomo seka nustatyta, arba kai žinoma tiriamo baltymo amino rūgščių seka/sekos dalis.
    Tyrimo pavyzdys Nr. 8.

  5. De novo peptidų sekos nustatymas sąlyginai gryname baltymo mėginyje MALDI TOF/TOF masių spektrometru; yra papildomų sąlygų (kreiptis: mindaugas.valius@bchi.vu.lt).
    Tyrimo pavyzdys Nr. 9.

  6. Baltymo cheminės modifikacijos nustatymas Q trap 4000 masių spektrometru. Dauguma šių tyrimų yra sudėtingi, todėl siūlome sudaryti tyrimo sutartį (kreiptis: mindaugas.valius@bchi.vu.lt).

    1. kai žinoma baltymo amino rūgščių seka ir žinomas tiriamos modifikacijos tipas
      Tyrimo pavyzdys Nr. 10.

    2. kai žinoma baltymo amino rūgščių seka, bet nežinomas modifikacijos tipas
      Tyrimo pavyzdys Nr. 11.

    3. kai ieškoma baltymų, turinčių konkretų modifikavimo tipą sudėtingame baltymų mišinyje, nežinant kokiuose baltymuose yra šis modifikavimo tipas, tik iš organizmų kurių genomo seka yra nustatyta.
      Tyrimo pavyzdys Nr. 12.

  7. Baltymų ekspresijos skirtumų paieška (baltymų-biožymenų paieška ir patvirtinimas) MALDI TOF/TOF ir Q trap 4000 masių spektrometrais (geriausia ką gali ši dviejų masių spektrometrų pora!—unikalus įrangos derinys Baltijos valstybėse ir Rytų Europoje vienoje vietoje, šiuo metu):

    1. kai tiriami labai kompleksiški baltymų mišiniai, ieškomi baltymų sąstato kokybiniai ir kiekybiniai skirtumai, tik organizmuose, kurių genomų sekos nustatytos – panaudojama iTRAQ technologija, naudojant MALDI TOF/TOF masių spektrometrą. Tyrimai yra labai sudėtingi, todėl galimi tik sudarius bendradarbiavimo sutartį (kreiptis: mindaugas.valius@bchi.vu.lt).
      Tyrimo pavyzdys Nr. 13.

    2. kai ieškomi konkrečių baltymų kiekybiniai skirtumai ir/arba jų cheminių modifikacijų skirtumai (iki 100 baltymų vienoje analizėje). Analizuoti galime dideles mišinių grupes (dešimtys - tūkstančiai). Tam naudojamas Q trap 4000 masių spektrometras, tik iš organizmų, kurių genomų sekos yra nustatytos. Tyrimai yra labai sudėtingi todėl galimi tik sudarius bendradarbiavimo sutartį (kreiptis: mindaugas.valius@bchi.vu.lt).
      Tyrimo pavyzdys Nr. 14.

    Tyrimo eiga